《昭和元禄落语心中》以落语为题，讲述一段人世间情为何物的故事——

故事从一个监狱刑满出狱的小混混开始，他在监狱服刑时因为听了第八代有乐亭八云惟妙惟肖的落语“死神”而感动，并决定出狱后前往寄席自愿成为第八代八云的弟子。原本不打算收弟子的第八代八云，被小混混孤独无依这点打动，破格收他入门为弟子，并赋予他与太郎之名。

到这里与太郎故事暂时结束了，当所有人都好奇故事的发展时。舞台转眼回到了昭和30年代，眼前出现了一个背着书包文质彬彬的少年，和一个放浪不羁的混小子，两个性格截然不同的孩子同时投入第七代有乐亭八云门下开始学起了落语。这是一个讲述第八代八云年轻时候与挚友初太郎的一段人生故事，年轻时的第八代八云还以菊比古称之。

年轻的菊比古，出身艺人家庭，由于是男性，即使学习舞蹈也不受待见，右脚受伤后遭双亲遗弃，这样的遭遇让他从小为人拘谨，缺乏笑容和自信，对未来也不抱什么希望。而同门的初太郎淘气邋遢，因喜欢落语极力纠缠第七代八云要求入门，表演的落语也大大咧咧，看在他举目无亲，照顾自己的老爷子也已顾的原因，第七代八云因同情也允其入门。

两人性格的差异让他们的落语风格也截然不同，相对于菊比古固守平庸的落语，初太郎很快的找到了自己的落语风格，以娱乐和观众为主的落语风格让初太郎显得在当时的时代下更为优秀。但是同门两人依然是友爱的挚友，慢慢地菊比古也被初太郎乐观热忱的落语所感染，开始对落语有了信心。

一次偶然的机会，在吉原放浪的菊比古相遇了最初的情人美代吉，因苦闷而怀疑自己是否适合当落语家的菊比古，受到美代吉的鼓励，尝试饰演了一次“弁天娘女男白浪”的弁天小僧的女装而大受好评。彷徨的菊比古因此次契机确立自己妩媚向的落语风格。

渐渐地，菊比古和初太郎的落语也越来越有各自的风格。原本极具天赋和能力的初太郎有着继承八云称号的实力，却因打破陈规的落语风格，让协会上层和评论家不予好评。在升为真打后因为艺风与见解方面的差异与师傅失和，最后遭逐出师门。八云称号也便传予给了菊比古，然而仍然崇拜初太郎的菊比古依然期望由初太郎来承袭八云这个称号。在升上真打后的菊比古因为落语的关系欲与美代吉分手，深受打击的美代吉誓言要报复，便与被逐出师门的初太郎一起迁去四国。没有落语的日子，初太郎整天酗酒度日无所事事，让妻女养家。

数年后，师傅过世，菊比古去了四国希望初太郎能重回落语舞台，一番说服后两人在温泉旅馆的帮助下成功召开二人会。然而一直无法释怀的美代吉得知菊比古来访的事后，半夜私会找到了菊比古。面对美代吉，菊比古的感情混乱动摇了，在美代吉的推拉下两人走到了窗台处，欲殉情而去。此时听到两人对话的初太郎冲入房内，真诚地向美代吉悔过，并愿意放弃落语认真工作重新来过。激动而后退的美代吉因窗台栏杆破损坠楼，初太郎跃空抱住。然而靠菊比古一人之力实在无法拉起两人，一番对话后初太郎挣脱开了菊比古的手，与美代吉双双坠落。

菊比古的一生就这样在被迫中度过，被迫学习了落语，被迫升为了真打，就连这条命也被迫活了下来。助六选择了自己的人生，选择了一切与命运抗衡的选择，最后却失去了一切。而美代吉虽然很多人讨厌，但她也不过是当时环境下的一个悲惨人物罢了，被骗至满洲成了一名艺妓，一心爱着菊比古却又得不到怜惜，最后只是出于报复和初太郎生活，一个失恋和一个失意的人度过了半辈子。亲人散尽的菊比古在人生的最后才能演绎出这样寒彻骨髓的落语“死神”，体会过市井沉浮的初太郎在生命的最后才能演绎出这样其乐融融的落语“芝滨”。

不过故事并没有这么结束，弟子与太郎才是这个故事的主人公啊。洗心改面出狱的与太郎出现在了菊比古的面前，落语是否也能迎来新时代下的变革似乎都还是个未知数，与太郎的故事同样吸引着我继续把第二季追下去……